IBS伴随着肠道菌群多样性的减少和不稳定的变化；
许多研究发现IBS病人肠道中厚壁菌，主要是Ruminococcaceaespp（疣微菌）和ClostridiumclusterXIVa（梭菌）的丰度增加，拟杆菌的丰度减少；
IBS往往伴随着结肠内短链脂肪酸的产生，这种变化会导致IBS相关的内脏痛和肠运动。
归于古细菌类的产甲烷细菌会消耗多余的氢气，产生大量的甲烷气体。史氏甲烷短杆菌是人类肠道内的主要产烷细菌，尤其在便秘主导的IBS患者肠道内大量增加；
IBS病人中发现Lachnospiraceae（毛螺菌科）和ClostridiumclusterXIVa（梭菌）细菌大量增加，这些细菌能够产生鞭毛蛋白，这些鞭毛蛋白能被固有免疫系统识别，从而产生IBS相关的低度粘膜炎症；
针对IBS的微生物疗法，1）使用益生菌，如bacteria—L.acidophilus(KCTCBP),L.plantarum(KCTCBP),L.rhamnosus(KCTCBP),Bifidobacteriumbreve(KCTCBP),B.lactis(KCTCBP),B.longum(KCTCBP),Streptococcusthermophilus(KCTCBP)的混合使用能够显著改善IBS患者的生活质量；2）使用益生元，使用半乳寡聚糖能够显著提高肠道内双歧杆菌Bifidobacteriumspp的含量；3）抗生素rifaximin（利福昔明）的使用能够改善IBS的症状。
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