肠易激综合征（IrritableBowelSyndrome,IBS）的发病原理不清，发病率逐年上升，是一种常见的消化系疑难病症[1]，临床上尚无特效的药物予以治疗。由于缺乏合适的研究模型，药学家们只能以“散射弹”的方式向医生提供可选择的药物种类，治疗上具有极大的盲目性。临床医生的经验表明，所有腹泻型IBS病人都有使用抗生素治疗史，并且在IBS急性发作期间使用抗生素进行治疗，对60%以上患者有不同程度的治疗效果。这一来自临床的经验，促使医学微生物学家们考虑IBS发病的微生物学机制，肠道这一人体最大的微生物生境，可能在IBS发病的过程中起着某种重要的作用。围绕着临床的需要，IBS的研究已形成多学科协作攻关的局面。
一、走出简单机械论的思维
纵观现在的医学思维，仍然停留在牛顿哲学——简单的机械唯物主义，还原主义是其集中体现。一种结构决定一种功能，一种致病微生物引起一种传染病，疾病必须有病理改变，引起感染的微生物必然有毒力。分子生物学就是这种物质分析的方法在医学中的极端体现。分子生物学的巨大成就使乐观的人们认为医学这座大厦已经很宏伟了，剩下的只是修补工作。然而，清醒、严肃的医学家们却能看到，情况并非这么简单。比如，在分子免疫学领域，CD分子已发现余种，细胞间的识别及相互作用是如此的复杂，形成不同层次的网络，这不是单纯分析一两种细胞因子能解释的。在临床上，医生们碰到大量的所谓功能性疾病，比如IBS、肩周炎、癫痫等，它们没有明显的器质性病理改变而出现系统功能的异常。医学微生物学虽然在20世纪前50年有过辉煌的过去，但在抗菌素大量使用之后，传染性疾病得到控制甚至根除。在临床上取而代之的是机会致病菌感染，耐药菌的感染。机会致病菌没有特殊的毒力和侵袭作用，耐药菌的耐菌谱不断扩大，这都对医学微生物学提出了新的问题。然而，受传统Koch思想的束缚，医学微生物学已陷入停足不前的状态，所能做的只是去鉴定细菌，分析其致病因子，分离其耐药质粒，但这些工作远远不能解决临床问题。
科学的发展史提示我们，突破来源于思想的飞跃。作为自然科学带头学科的物理学，早已超出牛顿的简单机械论思维，先是爱因斯坦的相对论，继而是薛定锷、海森堡等人的量子论，最后是二十世纪中期普利高津的耗散结构非平衡理论，使自然科学进入一个探索复杂性的时代，一个物质分析加整体观思维的时代。到九十年代，非平衡统计热力学、协同学、混沌学、分形学等非线性科学蔚为壮观，并开始渗透到生物学领域，如心电、脑电的生理混沌，血管、支气管的分形、动力系统疾病、基因的调控和表达等。医学家们开始走出简单机械论的传统思维。
我们用这种复杂性探索的最新思想，以微生物为实验对象建立了实验研究模型。在实验中发现，细菌的生命活动呈现出复杂的节律性，节律是确定的，但节律的发生不可预测，表现出混沌的波动变化过程，生物波理论及其一系列工作研究，为认识功能性疾病和条件致病菌感染这两大医学难题提供了新的探索途径。
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