血清CRP指C反应蛋白，常用于炎症的诊断。患者若出现高水平CRP，则提示疾病活动或出现感染并发症。此外，克罗恩病患者的临床表现及内镜下疾病活动与CRP水平有很好的相关性。CRP下降提示治疗有反应，持续性的CRP升高则与药物减少或失去对药物的反应有关。尽管CRP不及粪便标志物诊断率高，但血清CRP也可用于患者疾病复发的评估。

黏膜愈合是克罗恩病持续性缓解的标志。内镜检查是评估黏膜愈合的金标准，但它具有损伤性，费用高昂。粪便中的粪钙卫蛋白或者乳铁蛋白是黏膜愈合标志物，其浓度可反映中性粒细胞通过炎性肠壁迁移至黏膜的程度（即对炎症的诊断）。粪钙卫蛋白和乳铁蛋白水平升高反映了任何原因所引起的肠道炎症。最近研究表明，与肠易激综合征（IBS）相比，患有克罗恩病的成人以及儿童有更高水平的粪钙卫蛋白。另一个不同的研究显示正常水平的粪钙卫蛋白排除IBD准确率高，特别是在成人患者中。在CD患者中，粪钙卫蛋白预测内镜下疾病活动的准确度高。粪便标志物的缺陷是在于相对结肠病变，更多回肠病变的患者粪便标志物水平在正常范围内。粪便标志物预测内窥镜下疾病活动敏感性较血清CRP提高60-70%，且明显优于克罗恩病疾病活动指数（CDAI）。