过去公认的观点认为IBS是一种功能性胃肠道疾病，但是越来越多的证据表明IBS为一种免疫-炎症模式的胃肠道疾病，微生物导致的肠道局部持续性、低级别的炎症反应状态是其病理生理学基础。
目前的流行病学和临床资料表明肠道微生物与IBS的关系密切：
1.基于动物模型的研究已经证实肠道微生物失衡可导致胃肌轻瘫、小肠转运时间延迟、结肠扩张等胃肠道功能紊乱；
2.IBS人群肠道微生物构成和数量与健康人群存在差异；
3.IBS人群肠道微生物代谢产物含量异常；
4.部分IBS与早期罹患急性胃肠炎有关，即感染后IBS；
5.IBS可能伴随小肠内细菌过度生长，且两者间症状相似；
6.益生菌制剂可调节IBS患者肠道菌群，缓解IBS相关症状；
7.抗生素临床试验性治疗IBS可能有效。
研究结论证明基于传统培养、16SrDNA文库分析、实时定量PCR以及DNA微列阵等技术的研究证实IBS人群肠道微生物构成和数量均发生改变，目前较为一致的结论有：
1.肠道中优势菌群含量显著降低；
2.肠道微生物总体的多样性和稳定性普遍降低；
3.肠道乳杆菌和双歧杆菌等益生菌种含量降低；
4.腹泻型IBS较便秘型IBS患者肠道微生物构成和数量变化较大；
5.粘膜相关微生物对人体宿主的作用更直接，而粪便样本微生物决定了肠道微生物的代谢产物，两者间微生物构成和数量无显著差别；
6.腹泻型IBS、炎症性肠病及其它腹泻性胃肠道疾病人群肠道微生物构成和数量改变具有相似性。
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